Para su adecuado funcionamiento, el Consejo cuenta con una Secretaría Ejecutiva que tiene como objetivo prestar apoyo administrativo y técnico, y que está compuesta por un equipo profesional multidisciplinario y encargada de:
- Prestar apoyo técnico a la presidencia del consejo.
- Coordinar las reuniones del Consejo, de las Comisiones de Desarrollo Rural y Urbano o grupos de trabajo que se constituyan.
- Coordinar estudios y asesorías de apoyo contratadas para estos fines.
- Apoyar la generación de información para el seguimiento y evaluación de políticas territoriales.
- Coordinar las sesiones plenarias del consejo, levantar actas ejecutivas de cada sesión y realizar una cuenta pública anual que resuma las actividades desarrolladas por el Consejo durante el año calendario anterior.
- Dar cuenta de los resultados de los procesos eleccionarios de consejeros o consejeras representantes de organizaciones ciudadanas, academia y otros.
- Calificar los incumplimientos graves de los y las integrantes del Consejo, con excepción de las autoridades.
- Coordinar la implementación de foros e instancias de debate ciudadano en distintas ciudades del país.
- Mantener vigente los canales de comunciación de la entidad con la finalidad de informar a la ciudadanía sobre materias asociadas al desarrollo territorial, avances de reformas, actividades del consejo y foros para canalizar aportes e ideas.